بیست سال پس از رویدادهای انقلاب‌های ماتریکس، نئو در ظاهر عادی تحت هویت اصلی‌اش به عنوان توماس اندرسون در سان فرانسیسکو زندگی می‌کند و یک روانشناس به او برای مقابله با چیزهای عجیب و غریب و غیرطبیعی که او گاهی اوقات می‌بینید قرص‌های آبی تجویز می‌کند. او همچنین با زنی آشنا می‌شود که به نظر می‌رسد ترینیتی باشد، اما هیچ‌کدام یکدیگر را نمی‌شناسند. با این حال، نسخهٔ جدیدی از مورفئوس قرص سرخ را به او پیشنهاد و ذهنش را دوباره به دنیای ماتریکس باز می‌کند، دنیایی که در سال‌های پس از آلودگی اسمیت امن‌تر و خطرناک‌تر شده‌است؛ نئو به گروهی از شورشیان می‌پیوندد تا با یک دشمن جدید مبارزه کند...
